全日本F3選手権はスーパー・フォーミュラと並んで、JAF(日本自動車連盟)によって全日本選手権のタイトルを冠せられたレースカテゴリーである。全日本F3選手権は1979年の発足から30年以上の歴史を重ねてきているが、ヨーロッパなどの各国で開催されているシリーズと同様に、トップドライバーへの飛躍を目指す若手選手たちの登竜門として位置づけられている。
FIA(国際自動車連盟)が定める規定に準じたマシンによって競われ、シリーズ終了後に行われるマカオ・グランプリでは各国のシリーズを戦ってきた猛者たちとの“世界一決定戦”に挑む。ここから更なる世界への飛躍も夢ではないF3、その根底には世界共通の規定によるマシンで構成されたシリーズであることがポイントとして存在する。
現状、全日本F3選手権のマシンは、シャシーはイタリアのダラーラ社製が占めているが、これは世界的なF3の傾向でもある。
一方でエンジンは複数のエンジンチューナーが鎬を削りあっているが、2013年は新しいエンジンのデビューがひとつの話題である。それはFIAが協議を進めてきた案に則ったもので、排気量2,000ccを上限とした直噴の4気筒である。もっとも欧州ではこのエンジンの投入が見送られたことから全日本F3選手権が先駆けるかたちとなったが、3つのチューナーがこのエンジンを登場させることになる。
なお、全日本F3選手権ではFIAが定める現行の車両規定に合致したマシンのほか、一世代前のマシンを使ってワンメイクエンジンを採用するマシンの参戦も可能となっている。これは後者が参戦経費抑制のメリットが高いことからとられている措置で、2008年からNクラス(F3ナショナルクラス)として設定された。
これは2012年に新旧シャシーとエンジンの組み合わせが緩和されたことから選手権としてのクラス区分は廃され、シリーズを統括する日本F3協会が独自に協会規定の車両で参加したドライバーを対象として「日本F3協会-Nクラス」を設定している。
レースフォーマットは規則では1大会において1レース制、2レース制、3レース制、または1大会2ヒート制のいずれかで実施することが出来ると定められている。それぞれの距離は1大会1レース制の場合で90〜100km、2レース制では1日目の第1レースが65km、2日目の第2レースは90〜100km、3レース制の場合は1日目の第1レースが65km、2日目の第2レースと第3レースが90〜100kmとすることになっている。
なお、ドライバーの参加資格は国内A級ライセンス以上を所持していることであり、国際格式競技の場合は国際B級以上の所持が条件となる。さらに、FIAスーパーライセンスの所持者、2011年から2012年のGP2、フォーミュラ・ニッポン、フォーミュラ・ルノー3.5において年間8位までの成績をおさめた選手は参加できないとされており、この規則からも若手育成カテゴリーであることがうかがえる。